Ως μικροφαλία ορίζεται η κατάσταση κατά την οποία το μήκος του πέους είναι μικρότερο από το φυσιολογικό. Η ερώτηση «ποιο είναι το φυσιολογικό μήκος;» θα πρέπει να συσχετιστεί με την ηλικία των αγοριών.
Επιστημονικά, στη μικροφαλία το πέος έχει μήκος μικρότερο κατά 2.5 μονάδες από την αναμενόμενη τυπική απόκλιση από τον μέσο όρο σε σχέση με την ηλικία. Τα νεογνά που θα γεννηθούν στις 38 ? 40 εβδομάδες έχουν πέος μήκους 3.5 εκ. κατά μέσο όρο. Η ανατομική διαμόρφωση του πέους είναι καθόλα φυσιολογική. Σε αγόρια με καλοσχηματισμένο όσχεο και όρχεις που βρίσκονται εντός του όσχεου η πιθανότητα ανωμαλίας του καρυότυπου (χρωμοσωμάτων) είναι σχετικά μικρή.
Μικροφαλία μπορεί να συμβεί εξαιτίας μιας ανωμαλίας στις ορμόνες ή μπορεί να οφείλεται καθαρά σε γενετική ανωμαλία ή κάποιο σύνδρομο. Τα παιδιά αυτά μπορεί να παρουσιάζουν υπόταση, φτωχή ανάπτυξη, ανοσμία, κρυψορχία.
Τις περισσότερες φορές, η μικροφαλία αναγνωρίζεται κατά τη νεογνική περίοδο, μπορεί όμως να διαγνωσθεί και αργότερα στην παιδική ηλικία. Παρ' όλα αυτά, οι αμφιβολίες των γονιών για το μέγεθος του πέους συνήθως αφορά σε αγόρια που βρίσκονται στην προεφηβική ηλικία και είναι παχύσαρκα. Στις περισσότερες αυτών των περιπτώσεων το μήκος είναι φυσιολογικό, αλλά εξαιτίας του υπερηβικού λίπους το πέος «καλύπτεται».
Τέλος, είναι μια πάθηση, η οποία θα πρέπει να διαγιγνώσκεται αμέσως λόγω του ότι στις περιπτώσεις με ορμονική διαταραχή έγκαιρη θεραπεία με τεστοστερόνη προσφέρει σημαντικό αποτέλεσμα, το οποίο βοηθά τόσο στην ψυχολογία των γονιών όσο και στη φυσιολογική ανάπτυξη του παιδιού.
